Depuis des années, les mutants sont la cible de nombreux ennemis. Mais ils sont également déchirés par les différends qui opposent le professeur Xavier et Magnéto. David Haller, alias Légion, désire changer la situation et améliorer le monde. Il décide alors de remonter le temps pour éliminer le créateur de la Confrérie des Mauvais Mutants.