En plein voyage d’affaires, le jeune salaryman Rokurô Okajima se retrouve kidnappé par une bande de pirates modernes qui écument la mer de Chine à bord d’un vieux torpilleur, le Black Lagoon. Abandonné par sa propre entreprise, il décide de devenir lui-même un pirate et de rejoindre l’équipage du Black Lagoon avec qui il va vivre des aventures palpitantes…