Bungô Stray Dogs Beast Ryûnosuke Akutagawa vit avec ses amis dans les bas-fonds de Yokohama, tentant tant bien que mal de survivre. Mais un jour, un groupe de criminels fait irruption dans leur refuge et les décime tous. Fou furieux, il décide de partir les venger, et au bout d’un périple sanglant qu’il rencontre un homme mystérieux au manteau noir, qui kidnappe sa soeur et le défie de venir le battre… Quelques années plus tard, Akutagawa, à moitié mourant, se voit proposer par un homme du nom d’Oda, de travailler avec lui dans une agence de détectives…