Après sa défaite face aux armées de Marvin, le grand Khan rejoint la forteresse noire. Là, désabusé et fatigué, il se débarrasse de l’Entité noire et permet ainsi à la planète de reprendre sa rotation. Cependant, privé de l’autorité que lui conférait l’Entité, Herbert doit faire face à la révolte de ses anciens généraux. Alors qu’il se retrouve enfermé dans sa forteresse, la planète explose et il part à la recherche de la nouvelle carte du monde?