Après des jours passés à fuir avec Yomi, Kagura, qui a retrouvé la mémoire, rejoint Kensuke. Ensemble, ils se rendent dans le refuge de maître Michael, où la vérité sur le Naraku leur est révélée. Le Naraku, qui ne cesse de grandir, est en réalité un système naturel censé provoquer l’extermination de la race humaine. Sans leur laisser le moindre répit, les quatre chefs de l’Agence de Lutte Contre les Cataclysmes Surnaturels se lancent dans une attaque de grande envergure contre ceux qu’ils estiment être des traîtres. Ils sont prêts à tout pour exécuter Yomi, la prêtresse noire ! Comment réagiront Kensuke et sa bande face à ce danger ?!