Héros de l’Ile au trésor, le jeune Jim Hawkins est devenu négociant, mais peine à régler les dettes qui s’accumulent. Une convocation à un mystérieux rendez-vous vient bouleverser sa vie et lui rappeler de lointains souvenirs. Jim et ses anciens compagnons de fortune, le docteur Livesey, Benn Gunn, Dick et Chien Noir, sont en effet chargés par un commanditaire anonyme de retourner sur les lieux de leurs aventures passées afin de récupérer la deuxième partie du trésor de Flint le Pirate.