Mario et son frère Luigi gèrent la plomberie dans le royaume Champignon, mais leurs destins basculent lorsque de nombreux tuyaux apparaissent, desquels sortent de nombreux koopas ainsi que leur chef, le terrible Bowser ! Pour sauver la princesse Peach des griffes de leur ennemi, Mario et Luigi vont se lancer à l’aventure dans des univers étonnants, en compagnie de Yoshi, Toad et bien d’autres !