Renaissant de ses cendres, Rebellion lance son plan pour sauver Futaba. Mais au même moment, des vaisseaux extraterrestres transportant des hordes de forces armées apparaissent aux quatre coins du monde et anéantissent en un clin d’œil toute l’humanité, à l’exception du Japon ! Guidés par leur captif, Gaudwu, les Thunder 3, encore en deuil, se lancent à l’assaut du vaisseau ennemi, déclenchant une bataille sanglante à bord. Mais en l’absence du trio, l’envahisseur tourne à nouveau son attention…