En 1969, pendant l’explosion économique du Japon,uen toute nouvelle organisation modiale secrete, AEGIS, est crée afin de proteger la Terre de ceux que l’on nomme les Envahisseurs, dont l’objectif est d’éliminer l’humanité toute entière. Tout l’espoir de l’organisation repose sur ses membre appelés Gate keepers, de jeunes adolescents ayant le pouvoir d’ouvrir des portes dimensionnelles, sources de puissance gigantesque. Ils sont recherchés dans le monde entier pour leur capacité à invoquer ces « gates » car ils sont les seuls à savoir les manipuler. Shun est un lycéen ordinaire, au carectère dynamique et un peu tete en l’air. Sa rentrée scolaire se voit quelque peu perturbée quand l’attaque d’un envahisseur le force à révéler le potentiel qui sommeillait en lui…