Depuis qu’il est petit, Natsume voit les yôkai (les esprits surnaturels japonais). Ne les appréciant pas particulièrement, il a toujours évité de les fréquenter. Mais voilà que ces derniers temps, les yôkai se mettent à le pourchasser sans qu’il comprenne pourquoi. Et un jour, alors qu’il tente d’échapper à l’un d’eux, il pénètre dans un lieu sacré et libère par inadvertance un « chat » qui avait été enfermé dans un petit sanctuaire. Loin de se montrer hostile comme les autres yôkai, le chat engage la conversation avec Natsume et le questionne à propos d’un carnet qui aurait appartenu à Reiko Natsume. Cette Reiko en question se trouve justement être la grand-mère de Natsume…