L’opération de Shishio devant lui permettre de conquérir le Japon a débuté ! Son armée tente d’incendier la ville de Kyoto tandis que les membres des « dix sabres » ont pour mission d’assassiner les grandes personnalités du gouvernement Meiji. Cependant, l’oniwabanshu de Kyoto fait obstacle à leur plan. Quant à Kenshin, il s’est lui-même rendu sur place dans le but de s’opposer à ce projet d’incendie. Son expérience d’ex-assassin lui permet de deviner que l’objectif de Shishio est bien plus ambitieux : il veut ni plus ni moins que bombarder la ville de Tokyo pour renverser le gouvernement Meiji !