La Nerv a été décimée et le Troisième Impact est entré dans sa phase finale. Shinji, emprisonné dans l’Eva-01, est au cœur même du processus alchimique et mystique, dans un état de léthargie où sa conscience télescope ses souvenirs d’enfance et les pensées de chaque être humain. Seul au monde, dernier rescapé de son espèce, il devra faire unUltime choix dont l’issue influera sur la destinée de l’humanité tout entière.