Minato se réveille à l’hôpital, oùYukari l’a veillé pendant une semaine. à leur retour à l’internat,une surprise les attend : Junpei,un camarade de classe bavard, rejoint leur dortoir car il semble lui aussi avoir des  » aptitudes « . Grâce au renfort de ces deux nouveaux membres, le SEES peut désormais partir en quête de réponses dans le nid des Shadows, le Tartarus,un immense labyrinthe qui n’existe que durant la 25e heure.