Tomoya a terminé le lycée, mais Nagisa doit à nouveau redoubler à cause de sa maladie qui l’a obligée à rater le lycée régulièrement. Elle supporte difficilement la reprise des cours maintenant que beaucoup de ses amis ne sont plus là. Tomoya habite toujours chez Nagisa et ses parents qu’il aide à la boulangerie, mais une rencontre fortuite va le lancer sur la voie de sa propre indépendance