Médaka se rend chez son grand frère,un ancien de la classe 13, en compagnie de Zenkichi, pour subir un entraînement intensif. Ils profitent ensuite du rendez-vous fixé par ôdo pour tester l’efficacité de cet entraînement. Mais ôdo leur révèle la réalité effrayante qui se cache derrière le Projet Flasque, qui concerne l’ensemble des élèves !