Un nouveau cycle commence : cette fois-ci, nous suivons la jeunesse de Gendô, le père de Shinji, à l’époque où il était lui-même un lycéen, ainsi que sa rencontre avec yui Ikari, sa future femme, avant qu’il ne devienne le charismatique commandant de la Nerv. Bagarreur et rebelle, Gendô est l’archétype du bad boy, paumé dans la vie et désabusé. Sa seule aspiration est que le monde entier disparaisse et qu’il se retrouve seul. Sa rencontre avec un étrange garçon, Kaworu, pourrait bien l’exaucer