Après avoir atteint une synchronisation à 400% et fusionné avec l’Eva-01, Shinji s’est volatilisé dans les entrailles de sa  » machine « … Tentant le tout pour le tout, Ritsuko Akagi et l’équipe de la Nerv se lancent dans un projet risqué pour récupérer le précieux pilote. Projet qui avait échoué dix ans plus tôt, dans des circonstances étrangement similaires. Shinji quant à lui se retrouve perdu et livré à lui-même, confronté à ses peurs et à ses angoisses. Jusqu’à ce que, dans ce lieu improbable, il fasse la plus inattendue des rencontres…