Sur un îlot perdu quelque part dans les mers du Sud se trouve la Duel Academia, une école où l’on forme l’élite de la nouvelle génération des duellistes. L’établissement est divisé en trois sections qui correspondent au niveau scolaire des élèves: Ra Yellow, Obelisk Blue et Osiris Red. C’est dans cette dernière section, la moins valorisante, que Jûdaï, est classé. Jûdaï devra faire ses preuves pour ne pas risquer de se faire exclure de l’académie. Très vite, déjà, il est dans le bain, réussissant à battre le cards professor qui se charge des admissions, ce qui lui vaudra l’admiration de quelques compagnons de classe.