Après les révélations de Kujaku, nos héros sont plus déterminés que jamais à vaincre le gouvernement de Stea. Cependant, ils vont découvrir que le véritable ennemi n’est pas forcément celui que l’on croit ! Prêt à en découdre, Cross découvre cependant la véritable identité de la mystérieuse Lilith…