Negi veut se rendre à Tokyo pour y trouver des indices sur son père. Il convainc donc toute sa classe d’y faire le voyage scolaire. Le directeur, d’abord réticent, lui confie finalement une lettre à remettre au président de l’association de magie du Kansai. Cette association est en effet en conflit avec celle du Kantô, présidée par le directeur de l’école Mahora, qui voudrait rétablir la paix. Mais très vite certains membres de l’association du Kansai essaient de mettre des bâtons dans les roues de Negi…